어류에 있어서 배설물 중의 질소화합물, 특히 암모니아, 아질산이온은 유해하다. 이들은 혈액 헤모글로빈의 산소해리도를 저하시켜, 산소가 혈중에 잘 녹지 않도록 하는 것으로 알려져 있다. 따라서 수중에 산소가 충분히 녹아 있어도 암모니아와 같은 질소화합물이 많이 존재하면 혈액산소량이 증가하지 않아 산소 결핍으로 성장 장해가 유발된다. 그렇지만 수중에 칼슘이온 및 마그네슘이온과 같은 양이온이 많이 존재하면 그 독성이 낮아지는 현상이 보고되어 있다. pH는 특히 산성역에서 유해하여, 성장이 둔화된다. H+의 유해작용에 대하여서는 잘 알려져 있지는 않지만, 점액분비가 촉진되어 호흡상피를 덮기 때문이라고 한다.
아연 등의 중금속이 많아도 식용부진을 초래하여 성장을 둔화시킨다고 알려져 있다.

 환경 요인에 대한 지식

(1) 수온
  대부분의 양식생물은 외부의 온도(수온)에 따라 몸의 온도가 변화하는 변온 생물이므로, 양식 생물의 대사 능력(섭식, 소화, 흡수)은 수온에 딸하 크게 좌우된다. 즉 수온의 변화에 따라 성장 및 사료 계수가 크게 변화하며, 일반적으로 생존 가능 수온내에서는 어느 정도 높은 수온일수록 성장 및 사료 효율이 높다. 어류의 사육 및 이동시 급격한 수온 변동은 양식어에게 스트레스를 유발시키므로 주의하여야한다. 서식 수온 범위에 따라 담수에서는 열대성( 예 : 잉어, 메기), 냉수성(예 : 송어) 어류로 세분한다.

(2)용존 산소
  수중의 용존 산소는 사육어의 호흡에 필요한 중요한 요인이다. 양식 생물은 수온이 높을수록 대사량이 증가하여, 산소 소비량이 많게 되나, 물속의 산소포화농도는 수온이 높을수록 적게 되므로, 사육시 주의하여야 된다. 또한 물 속에 다른 용해 물질(염분량, 용해된 어류의 배설물과 같은 오염 물질 등)이 많을 때, 기압이 낮을 때(비가 오거나 흐린 날) 산소포화농도는 줄어들게 된다. 활동성이 높은 어류(송어, 은어)는 산소 소비량이 많고, 반대로 활동성이 낮은 어류(잉어, 뱀장어 등)는 산소 소비량이 적다. 용존산소가 부족하면, 양식어는 섭식 및 소화 불량으로 성장이 둔화되고, 짧은 순간에 대량으로 폐사하게 된다. 사육수 중의 산소 소비는 사육어 뿐만 아니라, 각종의 플랑크톤, 미세 조류, 조류 등도 소비하고 있으므로 특히, 물이 오염되면 미세 세균 및 플랑크톤 등이 대량으로 번식하여 산소를 소비함으로서 사육어의 산소 부족을 초래할 수 있다는 것을 명심하여야만 한다.
  지수식 양어시 용존산소 결핍이 일어나는 중요한 시간은 식물성 부유물이 산소를 소비하는 밤시간이다, 또한 지수식 양어시 여름철 식물성 플랑크톤이 과다하게 번식하면 용존산소가 과포화하여 기포병에 걸릴 수 있으므로 주의하여야 한다, 일반적으로 온수성 어류는 용존산소가 1 ㎎/ℓ이하에 수시간 노출되면 치사하고, 1∼5 ㎎/ℓ의 상태로 지속되면 죽지는 않지만 성장이 늦어지고 생식 능력이 약화되므로 5 ㎎/ℓ이상으로 유지시켜야 한다.

(3) 암모니아
  암모니아는 어류의 배설 물질, 사료 찌꺼기, 수중 유기 오염 물질의 분해 등에서 수중으로 유출되며, 사육 밀도가 높으면 자연계에서의 분해 속도를 초과하게 된다, 수중에 암모니아 농도가 증가함으로 인하여 성장이 둔화되고, 생식소의 성숙에 나쁜 영향을 미치고, 질병(특히 아가미질병)에 걸리기 쉬워진다. 암모니아는 수중에 비이온화된 암모니아 (NH3)와 이온화된 암모니아(NH4＋)가 있는데, 비이온화된 형태가 독성이 강하다. 암모니아 독성은 pH가 높은 알카리성일수록 또한 수온이 높을수록 높아지고, 용존산소가 높으면 감소한다.

(4) 수소이온농도(pH)
  수소이온농도는 물의 산성 또는 알칼리성의 강도를 나타내는 기준으로 물 1ℓ 중 수소 g수 역수의 상용대수 값이다. 수소이온농도는지수가 pH를 사용하여 나타나고, 0∼14 까지의 숫자로서 표시한다. pH가 7이면 중성, 7보다 낮으면 산성, 7보다 높으면 알칼리성을 나타내며, 7에서 멀어질수록 산성 또는 알칼리성이 강해진다.
  담수에서는 시간과 장소에 따라 pH의 변화가 심하여 생물의 생화레 영향을 미치고, 여러 가지 화학반응의 조절자로서 중요한 역할을 하므로 항상 pH를 측정하면서 양식장을 관리하는 것이 좋다. 특히 수초나 플랑크톤이 많이 있는 사육수 중에서느 오후에 광합성 작용으로 pH가 급격히 상승하는 것을 종종 볼 수가 있다. 담수어류의 적절한 pH 범위는 6.5∼8.5정도이며, 어종에 따라 약간의 차이는 있다.

(5) 염분
  염분량이란 물 1 ㎏에 포함되어 있는 염류의 g수를 말한다. 물의 염분 함유량에 따라 사는 생물의 종류가 달라지므로, 양식을 할 때는 그곳의 염분 농도에 견딜 수 있는 생물을 선택하여야만 한다. 일반적으로 0.5 ‰ 이하의 염분을 함유하는 것을 담수라고 한다. 송어는 일반적으로 담수에서 양식하지만, 해수에서도 잘 자란다. 잉어, 메기, 틸라피아등의 여러 가 지 담수어류는 해수가 어느 정도 섞인 기수(약 10 ‰ 이하)에서는 산란, 번식은 잘 안되나, 성장은 잘된다. 최근에는 기생성 질병 및 세균성 질병의 치료 대책으로 담수에 염분을 첨가하여 유효하게 이용하고 있다.

(6) 황화수소
  황화수소(H2S)는 유기물질이 많이 쌓이고 물의 유통이 잘 안되는 양어지의 바닥 및 가두리 양식장 저면에 많이 발생하며, 그러한 곳은 바닥이 검게 변하고 나쁜 냄새를 풍긴다. 황화수소는 여러 가지 지방질이 무산소 상태에서분해될 때 생기며 저질 침전물로부터 기포방울 형태로 메탄가스(CH3)와 황호수소가 방출된다. 이 물질은 사육어에 대단히 유독한, 물속에 산소가 충분히 공급되면 곧 분해된다.

(7) 해캄내의 원인 물질
  담수어류에서 흔히 나타나는 해캄내를 비롯한 여러 가지 잡냄새는 상품의 질을 떨어뜨리고 때로는 식용으로 하기 힘들 정도로 심할 경우가 있다. 해캄내의 원인 생물로서는 방사균류와 남조류가 보고되고 있다.
  잡냄새 중에는 해캄내 외에도 하수구 냄새(시궁창 냄새), 썩은 냄새, 산패한 냄새(기름쩌린 냄새), 녹 냄새, 곰팡이 냄새, 석유 냄새, 수초 냄새 등이 있어 이들 잡냄새를 내는 화학 물질이 물고기에 흡수되어 근육을 비롯항 몸조직 속에 들어가 상품 가치를 저하시킨다.